O ISCQ tem como Missão, formar quadros de saúde de qualidade, para a cobertura das necessidades do país na prestação de cuidados primários de saúde na gestão de recursos de saúde contribuindo para o alcance das metas do Milénio e do Governo Moçambicano no cumprimento dos seus planos de desenvolvimento.
Ser uma instituição de excelência com prestígio nacional e internacional na formação de Técnicos na área da Saúde com qualidade, capazes de ajudar a resolver os problemas de Saúde das comunidades.